Mientras que para las escuelas antropológicas el estructuralismo y el funcionalismo nuclean corrientes diferentes, en el caso particular de la lingüística, el funcionalismo podría considerarse una línea dentro del mismo estructuralismo lingüístico.
La corriente funcionalista se identifica con la Escuela de Praga, que se considera a sí misma, ligada al estructuralismo de Saussure, aun cuando revisará algunos de sus efoques como la división estricta entre la lingüística sincrónica y diacrónica. Los seguidores de esta línea, afirman que la estructura fonológica, gramatical y semántica de las lenguas está determinada por las funciones que deben cumplir en las sociedades que operan.
Trubetzloi propone la noción de contraste funcional, la cual se utiliza para establecer una diferenciación entre fonología y fonética.
La fonología es el área en donde con más fuerza impacta la escuela de Praga. Entre sus observaciones puede destacarse que en los sitemas lingüísticos particulares, muchas de las características como el tono, el acento o la longitud tienen funciones demarcativas más que distintivas. Estas señales, si bien no sirven para diferenciar una dimensión de otra por contraste (dimensión paradigmática), refuerzan la cohesión fonológica de las formas ayudándolas a identificarlas como unidades, marcando el límite entre una forma y otra en la cadena del habla.
